Re: 中央官庁での期間業務職員について

実際のところは分からないです。ということを前置きしておきます。

採用したいような気がするけど…ということで、面接でその辺の確認をしたいのでは？

残業はできませんが、それでも採用していただけるなら嬉しいですとか言って、はっきり残業できないことを面接で伝えたらいいと思います。
残業しないことを約束して採用してもらえるならラッキーですし、採用されてから残業が当たり前だと分かったら、さっさと辞めていいと思います。さっさと辞めたって、短期間のバイトであれば、職歴には書かないと言う手もあります。大学院へ通うことが本業なんですから。