Re: 任期途中での入院

入院期間は、年休か病休がとれるのですか？
それ次第だと思います。
これは、共済でも協会けんぽでも同じです。

年休で休めるなら、そのまま休めばいいことです。
ただし、傷病手当は給与(報酬)が出ていれば申請できません。
病気休暇がとれて、それが無給になるなら、条件次第で傷病手当を申請することもできます。

非正規と言っても、臨時で時給だったりすると、単に休んでいる間は、ざっくり言えば「バイトのシフトが入っていないだけ」という扱いになる可能性もあります。
この場合は傷病手当の対象にはならないのではないか？と思います。

正規職員の場合、まずは年休や病気休暇(有給)、その後、診断書を定期的に提出して病気休業。
期間によって、最初は一部給与が出ますので、減額分のみ傷病手当を申請。
無給の病休になってから、毎回診断書を添えて傷病手当(全額)の申請。こういう流れです。

保険の扶養は、確かに時間がかかりますが、結果的には切れ間なく加入ですので、無保険になるわけではありません。
ちなみに傷病手当もかなり時間がかかります。

気持ちの問題で言えば、自分がいなくても大丈夫か、休みが長くなった時に気兼ねないか、ではないでしょうか。
他の人の負担が少し増えるかな、くらいなら、気にせず休んで加療すればいいと思います。
休んだら、他に変わる人がいないような立場(嘱託や専門職)なら、辞めて新しい方に引き継ぐのもありだと思いますし。
この辺りは長引くかも、という場合の期間にもよるでしょうし、どのような手術か(予後がどの程度大変か)、にもよるのではないかと思います。