期間満了後別部署への応募

2がつの末に人事異動の関係で、3月いっぱいで期間満了で退職後、6月からスタートの同じ自治体の別部署の求人がありました。
それは勤務態度や勤務成績が原因ではなく、人事異動の都合で期間満了が決まったわけなので、代わりになる人を募集したということではなく、新しい欠員が出たものになります。
採用されるされないは別にして、期間満了後こちらに応募するのは印象としてはどうでしょう？

2がつの末に「3月いっぱいで期間満了」と告げられた
という意味です。

当該者がAさんという方だとすると、Aさんの意思で辞めたのではないのですから、
他部署へ応募するのは、なんら疑問もないし、印象も悪くないと私は思います。

注：Aさんの意思というのは「月の途中」とか「年度末を待たずに」の意味です。

むしろ、(いい意味で)いろいろ中のことを知っている経験者ということで、
Aさんは受かりやすいのでは？と思いますが・・・。